A reacção Católica não atingiu, aquele que terá sido, o seu primeiro objectivo, isto é, a unidade do cristianismo. Apesar de todos os meios utilizados, uns mais felizes que outros, não conseguiu calar a reforma protestante.
Todas as transformações que a Europa Moderna sofreu proporcionaram uma rápida propagação das novas religiões. Sobretudo as mudanças a nível político, com o aparecimento do absolutismo. A intervenção papal não agradava aos reis, enquanto que aquilo que os reformadores cultivavam permitia-lhes uma maior capacidade de manobra, uma menor intervenção de poderes periféricos. Contudo a génese de todos os movimentos reformadores encontra-se na idade média.
A Europa ficou dividida entre países protestantes e católicos, norte e sul respectivamente. Esta divisão religiosa provocou inúmeras guerras religiosas. É o caso francês, onde a solução encontrada foi o Édito de Nantes, que deu liberdade aos protestantes. Foram os países que actualmente ainda são católicos ( principalmente Portugal e Espanha) que foram palco das maiores atrocidades da Contra-Reforma.